১৯৭৯ সালে খুলনা সিভিল ডিভিশনকে চট্টগ্রাম কর অঞ্চল, চট্টগ্রাম থেকে আলাদা করে কর অঞ্চল-খুলনা সৃষ্টি করা হয়। ১৯৯২ সালে কর বিভাগ পুনর্গঠিত হলে কর অঞ্চল-খুলনা সিভিল ডিভিশনের মধ্যে সীমাবদ্ধ থেকেই সকল জেলায় কর সার্কেল প্রতিষ্ঠার মাধ্যমে তার কার্যক্রম পরিচালনা করে আসছিল। ২০০১ সালে সিভিল ডিভিশন বরিশাল সৃষ্টি হওয়ায় বর্তমান কর অঞ্চল-খুলনা পুনর্গঠিত হয়। সর্বশেষ জুলাই, ২০২৫ এ কর বিভাগে ব্যাপকভাবে সংস্কার হলে কর অঞ্চল-খুলনা পুনরায় পুনর্গঠিত হয়। বর্তমানে এই কর অঞ্চল ০১ (এক) জন কর কমিশনার, ০১ (এক) জন অতিরিক্ত কর কমিশনার, ০৪ (চার) জন যুগ্ম কর কমিশনার, ০৮ (আট) জন উপকর কমিশনার, ১৩ (তের) জন সহকারী কর কমিশনার, ০১ (এক) জন সহকারী প্রোগামার, ০৬ (ছয়) জন অতিরিক্ত সহকারী কর কমিশনার, দ্বিতীয় শ্রেণির অন্যান্য ৩৫ (পয়ত্রিশ) জন কর্মকর্তা, তৃতীয় শ্রেণির কর্মচারী ১১৯ (একশত উনিশ) জন এবং চতুর্থ শ্রেণির কর্মচারী ৯২ (বিরানব্বই) জনসহ মোট ২৮০ (দুইশত আশি) জন বিভিন্ন পর্যায়ের কর্মকর্তা কর্মচারী সমন্বয়ে গঠিত।
খুলনা সিভিল ডিভিশনের আওতাধীন ১০টি জেলায় মোট ২২টি কর সার্কেলসহ মোট ২৮টি অফিসের মাধ্যমে এই কর অঞ্চলের কর্মকান্ড পরিচালিত হয়। সরকারের রাজস্ব (প্রত্যক্ষ কর) আায়ে কর অঞ্চল-খুলনা গুরুত্বপূর্ণ ভূমিকা পালন করে চলেছে।
মাননীয় উপদেষ্টা, অর্থ মন্ত্রণালয়
চেয়ারম্যান , জাতীয় রাজস্ব বোর্ড
কর কমিশনার